El Museo de la Naturaleza y el Hombre se encuentra ubicado en un destacado edificio de la capital insular, el Antiguo Hospital Civil de Nuestra Señora de los Desamparados, que data del año 1745, y que fue remodelado a finales del siglo XIX por el arquitecto Manuel de Oraá y Arcocha. Su fachada principal se considera como uno de los ejemplos más cualificados de la arquitectura neoclásica de las islas, por lo que fue declarado Bien de Interés Cultural, con la categoría de Monumento, en 1983. En el entorno del Museo se encuentran algunos de los espacios y edificios más emblemáticos de la ciudad Santa Cruz de Tenerife: la Iglesia de la Concepción, centro del núcleo fundacional de la ciudad, cuya primera construcción data del año 1500; la Calle de la Noria, uno de los paseos más tradicionales, animados y con más encanto del antiguo casco urbano y, finalmente, como ejemplo de arquitectura moderna, en los márgenes del Barranco de Santos, y justo al lado del Museo, el TEA (Tenerife Espacio de las Artes), inmueble vanguardista diseñado por el estudio de los arquitectos suizos Herzog & de Meuron. La rehabilitación integral del histórico edificio que alberga el Museo de la Naturaleza y el Hombre se ha venido realizando en distintas fases. Así, en el año 1993, se acometió una adecuación provisional, con el fin de destinar algunas dependencias a salas de exposición de los Museos de Ciencias Naturales y Arqueológico de Tenerife, de forma que estuvieran abiertas al público, en tanto se redactaban los proyectos, arquitectónico y museográfico, de la Fase I. La ejecución de ambos proyectos comenzó en 1994 y culminó en 1997. La adecuación del Museo de la Naturaleza y el Hombre continuó con la ejecución de su Fase II, que comprendió tanto obra civil como museográfica, y culminó en abril del año 1999. Con la Fase III, finalizó la intervención en las dependencias del inmueble para su uso como salas de exposición permanente. El conjunto museográfico, resultado de estas tres fases, fue inaugurado por Su Majestad la Reina Doña Sofía, el 9 de enero de 2002. Finalmente, en la IV y última fase, se intervino en la parte trasera del edificio, entre las calles Bravo Murillo, San Sebastián y lateral del Puente Serrador. Con ella, se acometieron áreas complementarias del Museo: Dependencias y laboratorios del Museo de Ciencias Naturales de Tenerife, del Museo Arqueológico de Tenerife y del Instituto Canario de Bioantropología, sala de exposiciones temporales, salón de actos, laboratorio de conservación de colecciones, taller de reproducciones y almacén general. Tras este largo proceso, hoy día, casi tres siglos después, se ha culminado la metamorfosis que ha transformado aquel antiguo hospital en un moderno museo, espacio para el conocimiento y trasmisión del importante patrimonio arqueológico y natural de Canarias.
